Мадрид командасының экс-ойыншысы Монтевидеода дүниеге келген, жергілікті Насьональ клубының түлегі. «Лос бланкос» сапына ол 1957 жылы қосылып, 1966 жылға дейін, яғни мансабының соңына дейін осы командада өнер көрсетті.
Сантамария Уругвай чемпионы атағын бес рет, Испания чемпионы атағын алты рет жеңіп алған. Сонымен қатар, ол төрт мәрте Еуропа чемпиондар кубогын иеленіп, бір реттен Құрлықаралық кубок пен Испания кубогын жеңіп алды.
Бапкер ретінде Хосе Сантамария Эспаньол клубында және Испания ұлттық құрамасында жұмыс істеді.